2006年，马军创立公众与环境研究中心，期间主持开发了“中国水污染地图”，和“中国空气污染地图”，建立了国内首个公益性的水污染和空气污染数据库。
中国2/3的城市面临水资源短缺，而有限的清水资源正在被滚滚排放的污水破坏， “创造水污染防治的动力是当务之急。”马军说。
中国水污染地图 - 简介
打开中国水污染地图，首页是一张中国地图链接，通过点击中国地图可以进入省级地图，点击省图可以进入地级市的行政区域图。通过点击地图链接，可以查看不同省市的空气信息。使大家可以对自己所在的城市，也可以对各地的水污染的水平进行一个横向的比较，由此对全国或者某一个省的范围内的水质水平有一个更清晰和宏观性的把握。
通过这个公益数据库，用户可以进入全国31个省级行政区和超过300家地市级行政区的相应页面，检索当地的水质信息、污染排放信息和污染源信息，包括超标排放企业和污水处理厂信息。
马军及其所领导的团队持续对水污染的数据库进行更新。从2006年公众与环境研究中心第一次发布水污染地图数据库直到2009年4月份，“中国水污染地图”已经列出了超过30000条的企业污染纪录，而空气污染地图也列出了13000余条企业违规超标纪录。国内的企业占其中的大多数，但也包括相当数量的外资企业，甚至包括很多知名跨国公司。
公众与环境研究中心还与绿家园、地球村、绿驼铃等多家环保NGO组织合作，将政府公布的污染或者超标企业的数据搜集并在两张地图上进行定位和标注，这样公众可以更多了解周边污染源的监管记录。
“每一条河流的保护最终离不开本地的社区和环保组织”马军说，“希望我们的数据平台能够有助于推动更加广泛的公众参与”。
中国水污染地图 - 供应链管理体系
2008年马军注意到，向中心说明改进情况的几乎都是知名的欧美和日本跨国公司，而国内包括港台、韩国的企业则少之又少。显然，通过曝光违规超标产生的公众压力只对拥有知名品牌的大型企业有作用。
同时，马军认为，中国作为世界工厂，在受惠于外需拉动的同时，也承受了巨大环境压力。要提升中国的环境质量，需要将压力传递到大量对公众关注尚不敏感的企业，而最好的途径就是通过供应链。
2008年8月，公众环境研究中心开发了名为绿色选择联盟的供应链管理体系。马军的思路看起来很简单：大型企业有数百家到上万家不等的供货商，而公众与环境研究中心恰恰有各级环保部门发布的几万条污染企业的官方纪录。企业将供应商的名单输入水污染地图中的搜索引擎，把这两个名单一比对，就可以马上发现自己的供应商是否存在政府查处的违规超标现象。
但这一供应链管理体系的开发实际上却并不简单，它是中国多种社会进步的释放点。首先，中国各级环保部门在近年来公布了大量的环境信息;之后，环保NGO将这些散落分布的信息收集整理起来，使之变为可搜索、易查询的公共数据平台;其后，国内外媒体对相关信息进行了放大，使其更有效地传播。最后，公众对此给予了更多关注，而负责任的企业率先对公众压力作出了反应，加强了自身的环境管理。
“绿色选择供应链管理体系是一种公众参与环境保护的新尝试，它将信息公开和公众参与激发的动力，通过领先企业传递到庞大的全球供应链条，从而调动市场的力量，推动发展中国家的环境保护进程。”马军说。
水污染地图激发的公众参与，不同于以往单纯依靠政府自上而下的监管形式。除了收集政府信息外，公众环境研究中心也依靠当地社区和环保组织等民间力量发现环境污染问题，并以此为线索找到政府监管信息。随后通过媒体的互动与跟进，将企业的污染信息传播给社会，进而对污染企业形成公共舆论压力，促使企业进行整改。这期间，一些地方政府也积极回应，对污染严重的企业做出了停产整顿的处理。这就实现了各个利益方的良性互动。
实践表明，公众参与确实为受困于执法不严的污染防治注入了新的动力。在信息公开形成的公众关注的压力下，先后有上百家企业与公众与环境研究中心合作，其中多数说明了自身出现的环境问题。甚至还有20多家企业开展了第三方环境审核，以向公众证明其达标状况。公众环境研究中心与“自然之友”等20家本地环保组织参与监督审核的过程，促进了企业改进其污染控制和环境管理。
虽然“绿色选择第三方审核”是基于环境专业机构的审核标准和流程开发的，但它不同于传统的环境审核。“基于对审核市场中存在的问题的认识，我们提出了一个特殊的要求，即绿色选择审核的过程需要有环保组织的监督。”马军说，“当然，只要我们确定审核的流程是正常的，环保组织不会干预专业机构做出专业的判断。”
中国水污染地图数据库对供应链管理的作用已经引起了一些大型企业的关注。2007年2月，当上海松下电池有限公司在得知公众对其超标排放问题的反应后，与公众环境研究中心进行了积极交流，同时进行了大力改进。当年8月，在“自然之友”等21家参与发起绿色选择倡议的环保组织均无异议的情况下，上海松下公司的超标纪录成为第一条从水污染地图数据库删除的纪录。
在绿色选择供应链管理体系推出后，沃尔玛公司作为全球最大的零售企业，自2007年起与公众环境研究中心展开多轮会谈，了解数据标准、更新状况以及使用方法等问题。通用电气、耐克，以及香港的溢达等大型企业也都积极地通过污染地图数据库来管理和识别他们的供货商。
企业会在污染地图上定期搜索，而在和新的供应商签合同前，也要看这张地图，并进行搜索，确认供应商没有环保处罚问题。在这样的压力下，越来越多的供货商前来沟通并说明情况，而他们所提交的解释和政府后续监管记录也被刊登在了污染地图数据库。
在绿色选择供应链管理体系中，公众环境研究中心开发的第三方审核流程也起到了关键作用。近期开展的6次绿色选择审核，多数都是在客户企业的明确要求下开展的。这其中既包括外资企业，也首次出现了中国的国内企业。
很多的企业正是通过这种公众参与的方法，变被动为主动，积极地整治和改进自己的环保设施，使自己的污染信息从数据库中消除，这既维护了自身企业的声誉，又保护了生态环境。
“我们的挑战，一方面是不断持续更新完善我们的数据库，保证其全面性，同时在海量信息的整理中确保标准的一致性;另一方面是不断加强自身的专业性，以便能更加有效地促进政府、企业和公众互动，并将公众参与污染治理引向深入。”马军说。
中国水污染地图 - 信息公开指标体系
污染地图是建立在中国政府不断扩展的环境信息公开基础上的。马军认为，公众参与受惠于这一进展，同时也应该为推动这一进程提供动力。2009年5月1日是《政府信息公开条例》和《环境信息公开办法(试行)》实施一周年的日子。为评估信息公开元年环保部门的表现，公众环境研究中心开发了一个污染源信息公开指标体系，目前正和知名的国际环保组织自然资源保护委员会(NRDC)合作，对上百个城市的污染源信息公开状况进行评估。
为保证评估体系的科学性，公众环境研究中心和NRDC请中国政法大学、北京大学和中国人民大学等高校的环境法、环境经济专家一起进行论证。来自政府负责环境监测部门的专家，环境政策研究专家和资深媒体人士都有不同程度的参与。之后，公众与环境研究中心也向其他专家发送评估报告并征询他们的意见。
与“绿色选择供应链管理体系”一样，信息公开指标体系的基础同样是环保NGO持续不断的数据收集和整理。即使是这样，对上百座城市污染源信息公开状况的评价依然工作量十分浩大，难度也相当大。“我们希望做更多的定量分析，希望拿数据说话，这就意味着评估需要建立在对大量数据整理和分析的基础上，并且要交叉核对，后续工作很多，很细微。”
指标体系的评价工作使得公众与环境研究中心的同事们在日常更新数据，和企业交流互动，监督第三方审核并撰写报告外，又增加了一项艰巨的任务，“感到欣慰的是，我们的工作效率绝不输于我所了解的一些私营部门。”
《环境信息公开办法(试行)》明确赋予公民申请公开环境信息的权力，它规定“环保部门必须在环境信息形成或者变更之日起20个工作日内，以便民的方式公开政府环境信息，在15个工作日内对公众获取信息申请作出答复。”
为评价新法规的执行情况，公众环境研究中心工作人员同时向上百个城市的环保部门发出申请，申请公开污染企业的相关信息。而各地反馈差别很大，其中约1/5的政府部门提供了申请的信息，但“有的地方政府工作人员称不知道政府信息公开的要求，有些在沟通中称只对其它政府部门的信息查询申请进行处理，有些干脆说需要为企业保密。”马军有些无奈。
虽然信息公开依然处于起步阶段，但马军介绍，环境信息公开在过去一年间已经取得了进展。在长三角等发到地区，上海和江苏、浙江的一些城市已经开始较为系统地披露企业污染记录，而武汉等城市甚至开始实现在线监测的网上披露。
马军希望能系统收集不同地区在信息公开方面的良好案例，推荐给其它地区的政府部门去分享。“这些案例源自现实的操作，因此在中国现行的社会条件下具备可行性”。马军说。
马军早年进入香港《南华早报》担任研究员，正是在这段近十年的工作期间，马军有机会目睹河流断流、湖泊污染等触目惊心的环境事件。在研读大量科技文献、历史典籍，并进行多次实地考察后，马军终于在1999年写成《中国水危机》一书。
2006年，马军创立公众与环境研究中心，期间主持开发了“中国水污染地图”，和“中国空气污染地图”，建立了国内首个公益性的水污染和空气污染数据库。
中国2/3的城市面临水资源短缺，而有限的清水资源正在被滚滚排放的污水破坏， “创造水污染防治的动力是当务之急。”马军说。
中国水污染地图 - 简介
打开中国水污染地图，首页是一张中国地图链接，通过点击中国地图可以进入省级地图，点击省图可以进入地级市的行政区域图。通过点击地图链接，可以查看不同省市的空气信息。使大家可以对自己所在的城市，也可以对各地的水污染的水平进行一个横向的比较，由此对全国或者某一个省的范围内的水质水平有一个更清晰和宏观性的把握。
通过这个公益数据库，用户可以进入全国31个省级行政区和超过300家地市级行政区的相应页面，检索当地的水质信息、污染排放信息和污染源信息，包括超标排放企业和污水处理厂信息。
马军及其所领导的团队持续对水污染的数据库进行更新。从2006年公众与环境研究中心第一次发布水污染地图数据库直到2009年4月份，“中国水污染地图”已经列出了超过30000条的企业污染纪录，而空气污染地图也列出了13000余条企业违规超标纪录。国内的企业占其中的大多数，但也包括相当数量的外资企业，甚至包括很多知名跨国公司。
公众与环境研究中心还与绿家园、地球村、绿驼铃等多家环保NGO组织合作，将政府公布的污染或者超标企业的数据搜集并在两张地图上进行定位和标注，这样公众可以更多了解周边污染源的监管记录。
“每一条河流的保护最终离不开本地的社区和环保组织”马军说，“希望我们的数据平台能够有助于推动更加广泛的公众参与”。
中国水污染地图 - 供应链管理体系
2008年马军注意到，向中心说明改进情况的几乎都是知名的欧美和日本跨国公司，而国内包括港台、韩国的企业则少之又少。显然，通过曝光违规超标产生的公众压力只对拥有知名品牌的大型企业有作用。
同时，马军认为，中国作为世界工厂，在受惠于外需拉动的同时，也承受了巨大环境压力。要提升中国的环境质量，需要将压力传递到大量对公众关注尚不敏感的企业，而最好的途径就是通过供应链。
2008年8月，公众环境研究中心开发了名为绿色选择联盟的供应链管理体系。马军的思路看起来很简单：大型企业有数百家到上万家不等的供货商，而公众与环境研究中心恰恰有各级环保部门发布的几万条污染企业的官方纪录。企业将供应商的名单输入水污染地图中的搜索引擎，把这两个名单一比对，就可以马上发现自己的供应商是否存在政府查处的违规超标现象。
但这一供应链管理体系的开发实际上却并不简单，它是中国多种社会进步的释放点。首先，中国各级环保部门在近年来公布了大量的环境信息;之后，环保NGO将这些散落分布的信息收集整理起来，使之变为可搜索、易查询的公共数据平台;其后，国内外媒体对相关信息进行了放大，使其更有效地传播。最后，公众对此给予了更多关注，而负责任的企业率先对公众压力作出了反应，加强了自身的环境管理。
“绿色选择供应链管理体系是一种公众参与环境保护的新尝试，它将信息公开和公众参与激发的动力，通过领先企业传递到庞大的全球供应链条，从而调动市场的力量，推动发展中国家的环境保护进程。”马军说。
水污染地图激发的公众参与，不同于以往单纯依靠政府自上而下的监管形式。除了收集政府信息外，公众环境研究中心也依靠当地社区和环保组织等民间力量发现环境污染问题，并以此为线索找到政府监管信息。随后通过媒体的互动与跟进，将企业的污染信息传播给社会，进而对污染企业形成公共舆论压力，促使企业进行整改。这期间，一些地方政府也积极回应，对污染严重的企业做出了停产整顿的处理。这就实现了各个利益方的良性互动。
实践表明，公众参与确实为受困于执法不严的污染防治注入了新的动力。在信息公开形成的公众关注的压力下，先后有上百家企业与公众与环境研究中心合作，其中多数说明了自身出现的环境问题。甚至还有20多家企业开展了第三方环境审核，以向公众证明其达标状况。公众环境研究中心与“自然之友”等20家本地环保组织参与监督审核的过程，促进了企业改进其污染控制和环境管理。
虽然“绿色选择第三方审核”是基于环境专业机构的审核标准和流程开发的，但它不同于传统的环境审核。“基于对审核市场中存在的问题的认识，我们提出了一个特殊的要求，即绿色选择审核的过程需要有环保组织的监督。”马军说，“当然，只要我们确定审核的流程是正常的，环保组织不会干预专业机构做出专业的判断。”
中国水污染地图数据库对供应链管理的作用已经引起了一些大型企业的关注。2007年2月，当上海松下电池有限公司在得知公众对其超标排放问题的反应后，与公众环境研究中心进行了积极交流，同时进行了大力改进。当年8月，在“自然之友”等21家参与发起绿色选择倡议的环保组织均无异议的情况下，上海松下公司的超标纪录成为第一条从水污染地图数据库删除的纪录。
在绿色选择供应链管理体系推出后，沃尔玛公司作为全球最大的零售企业，自2007年起与公众环境研究中心展开多轮会谈，了解数据标准、更新状况以及使用方法等问题。通用电气、耐克，以及香港的溢达等大型企业也都积极地通过污染地图数据库来管理和识别他们的供货商。
企业会在污染地图上定期搜索，而在和新的供应商签合同前，也要看这张地图，并进行搜索，确认供应商没有环保处罚问题。在这样的压力下，越来越多的供货商前来沟通并说明情况，而他们所提交的解释和政府后续监管记录也被刊登在了污染地图数据库。
在绿色选择供应链管理体系中，公众环境研究中心开发的第三方审核流程也起到了关键作用。近期开展的6次绿色选择审核，多数都是在客户企业的明确要求下开展的。这其中既包括外资企业，也首次出现了中国的国内企业。
很多的企业正是通过这种公众参与的方法，变被动为主动，积极地整治和改进自己的环保设施，使自己的污染信息从数据库中消除，这既维护了自身企业的声誉，又保护了生态环境。
“我们的挑战，一方面是不断持续更新完善我们的数据库，保证其全面性，同时在海量信息的整理中确保标准的一致性;另一方面是不断加强自身的专业性，以便能更加有效地促进政府、企业和公众互动，并将公众参与污染治理引向深入。”马军说。
中国水污染地图 - 信息公开指标体系
污染地图是建立在中国政府不断扩展的环境信息公开基础上的。马军认为，公众参与受惠于这一进展，同时也应该为推动这一进程提供动力。2009年5月1日是《政府信息公开条例》和《环境信息公开办法(试行)》实施一周年的日子。为评估信息公开元年环保部门的表现，公众环境研究中心开发了一个污染源信息公开指标体系，目前正和知名的国际环保组织自然资源保护委员会(NRDC)合作，对上百个城市的污染源信息公开状况进行评估。
为保证评估体系的科学性，公众环境研究中心和NRDC请中国政法大学、北京大学和中国人民大学等高校的环境法、环境经济专家一起进行论证。来自政府负责环境监测部门的专家，环境政策研究专家和资深媒体人士都有不同程度的参与。之后，公众与环境研究中心也向其他专家发送评估报告并征询他们的意见。
与“绿色选择供应链管理体系”一样，信息公开指标体系的基础同样是环保NGO持续不断的数据收集和整理。即使是这样，对上百座城市污染源信息公开状况的评价依然工作量十分浩大，难度也相当大。“我们希望做更多的定量分析，希望拿数据说话，这就意味着评估需要建立在对大量数据整理和分析的基础上，并且要交叉核对，后续工作很多，很细微。”
指标体系的评价工作使得公众与环境研究中心的同事们在日常更新数据，和企业交流互动，监督第三方审核并撰写报告外，又增加了一项艰巨的任务，“感到欣慰的是，我们的工作效率绝不输于我所了解的一些私营部门。”
《环境信息公开办法(试行)》明确赋予公民申请公开环境信息的权力，它规定“环保部门必须在环境信息形成或者变更之日起20个工作日内，以便民的方式公开政府环境信息，在15个工作日内对公众获取信息申请作出答复。”
为评价新法规的执行情况，公众环境研究中心工作人员同时向上百个城市的环保部门发出申请，申请公开污染企业的相关信息。而各地反馈差别很大，其中约1/5的政府部门提供了申请的信息，但“有的地方政府工作人员称不知道政府信息公开的要求，有些在沟通中称只对其它政府部门的信息查询申请进行处理，有些干脆说需要为企业保密。”马军有些无奈。
虽然信息公开依然处于起步阶段，但马军介绍，环境信息公开在过去一年间已经取得了进展。在长三角等发到地区，上海和江苏、浙江的一些城市已经开始较为系统地披露企业污染记录，而武汉等城市甚至开始实现在线监测的网上披露。
马军希望能系统收集不同地区在信息公开方面的良好案例，推荐给其它地区的政府部门去分享。“这些案例源自现实的操作，因此在中国现行的社会条件下具备可行性”。马军说。